Але шпигуни Імператора виявили Старкиллера і доповіли про це Імператору, і той негайно вирушив на зустріч з Вейдером. Він наказує йому вбити свого учня, і Вейдер вбиває його і викидає в космос. Але все ж він залишився живий.
Незабаром Вейдер знаходить і оживляє його. Він пояснив причину свого вчинку і дав Старкіллер нове завдання - зібрати повстанців разом і заснувати союз, який вони використовують, як відволікаючий маневр для вбивства Імператора. Вейдер каже, що тепер він буде діяти сам, без допомоги Старкиллера. Насамперед Старкиллер знаходить Коту, який вижив після падіння, але почав пити НЕ просихаючи. Кота стає наставником Старкиллера. Потім Старкиллер звільняє з полону Імперії Лею Органу, дочка Бейла Органи. Там же він зустрічається з привидом свого батька, який говорить, що не хотів для свого сина такої долі. Після він повертається на Фелуцен, де б'ється з ученицею Шаак Ти - Меріс Бруд і звільняє Бейла Органу, після чого повертається на Раксус Прайм, де ціною неймовірних зусиль він зміг знищити Зоряний Руйнівник.
Але і ці «ігри в джедая» не пройшли даром. Старкиллер зміг нарешті відчути справжнє дихання світлої сторони і був готовий стати справжнім джедаєм (тим більше, що він мав воістину унікальними здібностями Сили). Але він все ще був вірний своєму «повелителя». До одного моменту. Незабаром всі повстанці разом з Старкіллер зібралися на Кореллі, де і був заснований Альянс Повстанців. Але несподівано планету атакують імперські війська. Вейдер вривається до них і забирає повстанців для того, щоб Імператор особисто стратив їх, щоб у нього не було сумнівів з приводу відданості Вейдера. Старкиллера ж він скидає зі скелі, але він дивом пережив падіння. Після цього Ситха - Старкіллер прийшов кінець. У ньому прокинувся джедай Гален Марек. Його знаходить Джуно і вони летять на Зірку Смерті для останньої битви.
Перебивши імперські війська і перемігши самого Дарта Вейдера, Старкиллер встає перед вибором. Імператор зауважує його силу і пропонує йому вбити Вейдера і стати Лордом Сітхів замість нього. Тим часом Кота звільняється з полону, забирає світловий меч Імператора і намагається його атакувати. Але Імператор стріляє в нього блискавкою. Тепер у головного героя є два вибори: битися з Імператором і врятувати Коту з повстанцями (канонічна кінцівка). Або ж убити Вейдера і зайняти його місце (неканонічна кінцівка).
Головні герої
- Гален Марек (Старкиллер) - зразком даної гри став відомий актор Сем Уітвера. головний герой гри, таємний учень Дарта Вейдера, який після зради свого вчителя остаточно переходить на сторону опору. Гален Марек - син джедая Кент Марека (Відступника), чий потенціал в силі набагато перевершував потенціал Вейдера і практично не поступався мощі Енакина Скайуокера. Гине на Зірці смерті в сутичці з Палпатіном в «доброї» версії гри, при «злом» виборі пізніше був перетворений в кіборга. Засновник Альянсу Повстанців.
- Проксі - тренувальний робот-дроїд, що знаходиться в підпорядкуванні Старкиллера. Спочатку призначений для тренування свого господаря, але довгий час використовувався не за призначенням (модулював зовнішність, для передачі повідомлень). Спас свого господаря, пожертвувавши собою, відволікаючи Дарта Вейдера, проте був знайдений і відновлений командиром Джуно.
- Дарт Вейдер - могутній ситх, що є правою рукою імператора Дарта Сідіуса. Вейдер є наставником Старкиллера, який обманним шляхом підставляє свого учня. У свою чергу Марек, не відаючи своїх помилок, продовжує служити Вейдеру до збору ради опору.
- Джуно Екліпс - колишній імперський командир, який перейшов на бік опору. Спочатку Дарт Вейдер приставляє її до Старкіллер як командир корабля. Згодом вона закохується в нього і стає для Галена більше, ніж просто пілотом (яких до неї було 7) .Образцом для Джуно стала актриса і модель Наталі Кокс
- Палпатин (Дарт Сідіус) - імператор галактики, контролюючий Дарта Вейдера протягом всієї гри; саме проти нього, на думку Марека, будує плани Вейдер. Дарт Сідіус намагається всіма силами придушити будь-яке повстання, тому Вейдер підставляє Старкиллера і захоплює майже всю верхівку повстанського опору.