Третій об'єкт, відібраний інститутом Мардук, Третє Дитя. Він сором'язливий, мовчазний, сумнівається в цінності свого життя, звик бути один і, впадаючи в депресію, може втекти з дому і жити на вулиці, ночуючи в кінотеатрі.
Так як він відкинутий батьком, він вважає себе непотрібним нікому. Практично не має друзів (в серіалі показані тільки два шкільних друга - Кенсуке Аїда і Тодзі Судзухара). Свою роботу пілота Шінджі не любить і два рази за серіал намагається покинути місце пілота. До необхідності же захищати людство він відноситься досить байдуже. Так, в першій серії, крім нього, не було кому захищати місто-фортеця Токіо-3, однак Шінджі відмовляється пілотувати Євангеліон до тих пір, поки не виникає загроза, що замість нього посадять важко поранену Рей Аянамі. Перше Дитя. Вільний час Шінджі заповнює грою на віолончелі і прослуховуванням плеєра. Особливо часто він слухає плеєр, перебуваючи в депресії. Також він добре готує і без будь-якої підготовки має ідеальну синхронністю дій з Рей там, де на синхронізацію з Другим Дитя Аской йде тиждень.
Незважаючи на своє ставлення до роботи, Шінджі володіє унікальними здібностями до пілотування. Навіть Рей Аянамі знадобилося сім місяців для синхронізації з Євою, а Шінджі без будь-якої підготовки досягає 41,3 відсотків синхронізації. Згодом Шінджі за кілька місяців перевершує за рівнем синхронізації АСКУ. незважаючи на те, що раніше вона мала найвищий серед пілотів рівень синхронізації і тренувалася протягом 10 років. Ангели виявляють до нього особливий інтерес. Так, Гагііл, ігнорували ембріон першого Ангела, Адама і Єву-02, поки ті були в Німеччині, напав на флот, їх перевозив, коли на корабель прибув Шінджі. Бард, який вивів з ладу боєздатні Єви-00 і 02 за лічені секунди, душив неопірного Єву Шінджі протягом часу, якого вистачило Шінджі і Гендо на те, щоб обговорити необхідність бою з Бардіілом і активувати псевдопілот, який згодом знищив Ангела. Зеру, що усунув Єви-00 і 02 одним ударом, намагався розбити ядро Єви-01 час достатня для активації Берсерк.
Нарешті, останній Ангел, Каору Нагіса стверджував, що, можливо, він був народжений, щоб зустрітися з Шінджі.
Ближче до кінця серіалу він, подібно Рей. отримує нове тіло. Як пояснює фахівець NERV Ріцуко Акагі. після того, як в ході битви Шінджі був поглинений Євангеліоном-01, то, що залишилося від тіла Шінджі, знаходиться в розчиненому вигляді всередині контактної капсули Евангеліона, і там же перебуває його душа. Для порятунку Шінджі робиться спроба відновити тіло і з'єднати його з душею. Однак в ході рятувальної операції вміст капсули проливається на підлогу і, отже, що випав десь із надр Евангеліона Шінджі має не оригінальне тіло, а його копію, породжену Євою. Таким чином, ці двоє до фіналу «Кінця Евангеліона», де все люди втрачають свої тіла і згодом отримують можливість отримати нові, залишаються єдиними персонажами, котрі пережили реінкарнацію.