Згідно з житієм, преподобний Пахомій прийняв чернецтво дуже рано - в 12 років - у Володимирському монастирі Різдва Богородиці, одному з головних монастирів Русі, де в 1263 році був похований великий князь Володимирський Олександр Невський. Через кілька років митрополичий намісник Алексій висвятив його в сан диякона. Після того як Алексій став в 1353 році митрополитом Московським, він заснував поблизу Володимира монастир в ім'я святих Костянтина і Олени, чиїм настоятелем він поставив преподобного Пахомія.
Аж до XVII століття всі будівлі монастиря були дерев'яними. Основу його ансамблю становили два храми. Один - присвячений Животворящої Трійці, і інший - в честь Покрова Пресвятої Богородиці. Велике кам'яне будівництво в обителі почалося в 2-й половині XVII століття при ігумені Харалампія (1669-1690). У 1675-1676 роках замість старого дерев'яного звели пятиглавий, бесстолпний, триапсидний Троїцький собор.
Під час риття ровів для фундаментів 5 травня 1675 були знайдені мощі засновника монастиря, над місцем покоенія яких звели приділ в ім'я преподобного Пахомія. У 1679-1686 роках була побудована тепла Покровська церква, в 1683-1684 роках - шатрова дзвіниця, в 1676-1689 роках - ігуменський і братські келії, Святі ворота, велика частина огорожі, ряд господарських будівель. Таким чином, до кінця XVII століття в обителі виник чудовий кам'яний ансамбль, що відноситься до епохи розквіту самобутньої російської архітектури. У 1764 році, під час монастирської реформи, Троїце-сипнемо монастир поблизу Нерехти, як і безліч інших російських обителей, був скасований і звернений у парафіяльну церкву. У другій половині XVIII століття за непотрібністю частина будівель (Покровська церква, келії, господарські будівлі) були розібрана.
Після революції закриття стародавнього храму в Сипанове з його святинею - мощами преподобного Пахомія Нерехтского - було тільки питанням часу. Однак саме останній період життя храму відзначений подіями, назавжди увійшли в історію Костромської єпархії.
У 1935 році священиком Троїцького храму став о. Василь Разумов (1879-1937). Тільки що вийшов з ув'язнення в таборі, він був призначений на парафію в селі Трійці керуючим Костромської єпархії архієпископом Никодимом (Кроткової). Після його призначення на служби в Троїцький храм стало ходити не бувало велика кількість людей (до цього церква якийсь час перебувала в руках обновленцев, і в неї ходили мало хто). У 1936 році, коли влада спробувала скинути дзвони з дзвіниці Троїцької церкви, місцеві жителі на чолі з о. Василем не дали здійснитися цього злочину.
Позбавлена священика церква незабаром була закрита і зазнала розгрому. У травні 1944 року віруючим Нерехти вдалося домогтися дозволу перенести з неї велику ікону із зображенням преподобного Пахомія, що служила кришкою гробниці святого, в єдиний з семи храмів міста, уникнув закриття, - Хрестовоздвиженську цвинтарну церкву. Очевидці пам'ятають цей вражаючий хресний хід, в якому брали участь майже одні жінки: адже йшла війна, і до її закінчення залишався ще цілий рік! Попереду процесії несли ікону преподобного Пахомія, на якій він був зображений на повний зріст, і здавалося, що святий йде разом з людьми.
У повоєнний час церковна будівля в селі Трійця використовувалося як склад, потім склад звідси вивели, і величний храм, який зберігав в собі мощі послідовника й учня преподобного Сергія Радонезького (на щастя, за радянських часів вони не були розкриті), поступово перетворився на руїни.
За минулий час в Троїце-Сипановом монастирі був проведений повномасштабний ремонт Троїцького собору. Реставрація Троїцького собору, пам'ятки архітектури ХVII століття, яка тривала понад 10 років, була проведена на високому професійному та художньому рівні. Храм був повністю розписаний в традиціях давньоруської іконописної школи в техніці фрескового живопису. У соборі було встановлено величний п'ятиярусний іконостас, ікони для якого були написані сестрами обителі. Роботами по реставрації і розпису Троїцького собору керував А.В. Альошин, викладач іконопису і фрески Іконописної школи при Московських Духовних академії і семінарії. Чин освячення Троїцького собору і першу Божественну Літургію у відреставрованому храмі звершив архієпископ Олександр. Після закінчення богослужіння керуючий єпархією вручив Патріарші нагороди настоятельки монастиря ігумені Алексія (Ремізова) і керівникам проекту з реставрації та розпису Троїцького собору.
В даний час число насельниць обителі становить близько 40 осіб.
- Собор Трійці Живоначальної