У церкві знаходилася родинна реліквія - Влахернському ікона Божої Матері (Одигітрія), датується XVII століттям. Привезена їх Константинополя в дар батькові Петра I царю Олексію Михайловичу 1653 р Разом з іконою була надіслана грамота, в якій її походження пов'язувалося з Влахернським монастирем Константинополя, а історія її шанування з ранньої історією константинопольської Одигітрії. Ікона зберігалася в Успенському соборі Московського кремля, цар брав її з собою у військові походи. Влахернському ікона рельєфна, виконана в техніці воскомастікі. В віск додані мощі християнських мучеників, таким чином, ікона є Мощевик. За іконографічного типу список Одигітрії, близький до смоленської ікони Божої матері, створена в другій половині XV початку XVI століть, можливо, як повторення давньої ікони на старій дошці. На іконі є грецький напис - «богохранимої». В даний час ікона знаходиться в церкви Різоположенія Московського Кремля. Один з шанованих рельєфних списків другої половини XVII - початку XVIII століть зберігався в родовому маєтку Строганових-Голіциних в селі Влахернському. Їм було надано за свої заслуги перед Вітчизною батько Григорія Строганова.
По побудованій храму місцевість отримала третю назву - село Влахернское. У 1920 р Влахернському церква закривається, і ікона Божої Матері передається в Успенський храм в Вешняках. Коли ж в 1941 р і він закривається, ікона надходить в Третьяковську галерею, де зберігається в запасниках і до цього дня. У 1923 р в Москві відкрився Помісний Рада Руської правосланой церкви, на якому прийнято було рішення про закриття храмів. У Кузьмінках в рішенні "високих" ідей розбудови нової держави були знищені всі надмогильні пам'ятники і хрести невеликого цвинтаря за церквою, звільнивши територію для будівництва гуртожитку для співробітників інституту. Недалеко від греблі колись був колодязь зі святою водою, який засипали.
У 1929 р селищна рада вилучила у настоятеля церкви Влахернському ікони Божої Матері ключі, заборонивши проводити богослужіння. В один із днів 1929 р Липовій алеї прокотилася віз для експропріації церковних цінностей на користь держави і пердачи храму ЦК автотракторної промисловості. Восени 1929 р знищили барабан храму і дзвіницю, на якій знаходилися старовинні баштові годинники. При переробці храму залишився тільки основний кістяк будинку і портики. Фронтони замінили великими і непропорційними аттиками. До невпізнання переробили вікна: замість круглих вікон з'явилися прямокутні, причому були пошкоджені литі металеві стрічки, стягують спорудження. Усередині також все переробили. На місці вівтаря влаштували туалет, зафарбували настінний живопис. Багато рукописи і ікони спалили. Єдина відома нам мальовнича ікона Влахернському Божої Матері висіла довгий час в лівому приділі Вишняківська храму. Дивом вціліла, ця ікона представляла безперечну цінність і за рішенням комісії було передано до фондів дного з музеїв Москви.
У 1812 році церква була розграбована наполеонівськими солдатами, за словами очевидців, французи в'їжджали в храм на конях, церковне начиння, ікони викрадені. У 1828 році імператриця Марія Федорівна подарувала фамільної святині храму Влахернської ікони брошка з перлів і діамантів, яка прикрасила головну ікону. У 1829 році в церкві за проектом арх. М.Д. Биковського і Д.І. Жилярді був влаштований вівтар Сергія Радонезького, який в 1839 році був з'єднаний дерев'яної галереєю. У 1842 році на межі встановлені годинник, що відрізнялися від звичайних тим, що мали одну годинну стрілку. В період 1858 року церкву відвідав імператор Олександр II і імператриця Марія Федорівна. Після смерті С.М. Голіцина (1774-1859) приділ Сергія Радонезького перетворений в фамільну усипальницю Голіциних, де був похований С.М. Голіцин. У 1899-1900 рр. церква була знову відреставрована і освячена в 1901 році.
У перші роки радянської влади з церкви були вилучені всі культові предмети, в 1929 році знесені куполи. Влахернському церква перебудована під будинок відпочинку ЦК профспілок автомобільної промисловості. Надалі церква використовували під житлове приміщення і адміністративні будівлі ВІЕВ.
Нині існуючий храм за проектом петербурзького архітектора С.І. Чевакінского почав будувати новий власник садиби - князь М.М. Голіцин (до речі, нащадок династії Строганових) в 1759 році. Сучасну Влахернську церкву будували досить довго. Спочатку протягом трьох років з'явилося саме церковна будівля, оброблене в бароковому стилі, а також стояла відокремлено восьмигранна дзвіниця, проект якої розробив І.П. Жеребцов. Завершення храму було виконано також у вигляді традиційного восьмигранного барабана. Однак час ішов, роботи начебто тривали, але дуже мляво. і до кінця 1770-х років буквально тільки що закінченої будівлі вже був потрібний ремонт. Тоді-то і було прийнято рішення про перебудову храму в стилі зрілого класицизму. Отже, реконструкція почалася в 1784 році, коли в Кузьмінках якраз працювали такі архітектори, як Родіон Родіонович Казаков та Іван Васильович Еготов. Саме Еготов і Казаков надали церкви класичний вид. Храм отримав нове завершення у вигляді круглого барабана з люкарнами і головком. З'явилися портики і ганку. А перед церквою поставили нову круглу дзвіницю. Є ймовірність, що в будівництві Кузьмінського храму брав участь В.І. Баженов: принаймні, його ім'я значиться в кошторисі, складеної перед придбанням будматеріалів. Будівництво нинішньої, "класичної" версії храму на честь Влахернської ікони Божої Матері завершилося в 1787 році. Під час Вітчизняної війни 1812 року Влахернської церкви було завдано величезної шкоди. Французькі солдати неабияк поглумилися над нею, після чого храм довелося переосвячують, що і було зроблено в 1813 році. До середини ХIХ століття настав час нового ремонту. У головному храмі і його межах встановили нові мармурові іконостаси, а на дзвіниці за тодішньою модою - баштовий годинник.
У 1920-х роках в Кузьмінках за рішенням нової влади знесли всі намогильні пам'ятники і хрести. Засипали навіть колодязь зі святою водою. До кінця 1920-х років добралися і до церкви: богослужіння заборонили, а у настоятеля забрали ключі. Трохи пізніше експропріювали все цінності, а сама будівля передали центральному комітету автотракорной промисловості. Цього настоятель винести не зміг і звернувся до місцевих жителів і колишнім прихожанам з проханням заступитися за храм. Правда, протистояння виявилося безрезультатним - незабаром церква втратила свого барабана, а потім і дзвіниці. А потім почалася довга низка грубих переробок. Місце фронтонів зайняли аттики, вікна змінилися до невпізнання - замість круглих зробили прямокутні, Церковне будівля надбудували ще одним поверхом з балконами, при цьому металеві стрічки, які були покликані стягувати будівництво, виявилися серйозно пошкоджені. Всередині тепер уже колишній храм теж спотворили: у вівтарі, як це часто тоді траплялося, влаштували туалет, настінні розписи замазали фарбою. Ікони і зберігалися в церковних архівах рукописи кинули в багаття. Вдалося врятувати тільки унікальний образ Влахернської Богоматері. Довгий час ікона перебувала в Успенській церкві в Вешняках, а потім потрапила в Третьяковську галерею. Незадовго до Великої Вітчизняної війни приміщення переробили, на цей раз під один з корпусів будинку відпочинку Центрального Комітету профспілки автомобільної прмишленності.
Нинішня будівля побудовано в формах зрілого класицизму. Фахівці відзначають ще одну особливість Влахернської церкви: дуже оригінальну конструкцію великого світлового барабана, який змінив колишній бароковий восьмерик. В його основі знаходилися чотири низьких напівкруглих вікна, які одночасно були люкарнами внутрішнього зводу церкви. Люкарни виходили прямо в світловий барабан! За його окружності чергувалися високі арочні вікна з нішами в простінках між ними; потужний, гладкий нижній пояс ротонди виглядає як би цоколем для високого витонченого барабана. Неочевидне зовні (а поблизу так і зовсім не розглядати, четверик закриває), але вкрай незвичайне рішення ротонди-барабана. Фактично він виходить двухсветовим, причому напівциркульні віконця нижнього ярусу - це люкарни купольного зводу. Така "двоярусні" найбільш ефектно виглядає зсередини: нижній ярус - затемнений звід з окремими "сплесками" світла з люкарн, в його центрі - яскраве світлове пляма рясно заскленого верхнього ярусу. Досить цікавий архітектурний прийом - округлені кути четверика. Це не ротонда, хоча округлені кути в обрамленні тосканських портиків та ще й з циркульними вікнами створюють таку ілюзію. Якщо придивитися, за колонадами бачимо абсолютно рівні площини стін. Так що все-таки це четверик! У бубнах фронтонів - барельєфне зображення: вигадливий рослинний орнамент, а в верхньому кутку - зображення Святого Духа, спадного на розкриту Біблію. Храм оточує суцільна симфонія колонад. Вони і в отворах ярусу дзвону, у наскрізних фонаріков- "альтанок" на самому храмі і його дзвіниці, у Потік по сторонам четверика, та ще й напівколони по всьому колу нижнього ярусу дзвіниці! Широке використання колон надавало спорудам зрілого класицизму несподівану, часом просто-таки повітряну легкість - мистецтво, геть втрачене з приходом ампіру.