Терапія повернулася до магії і молитвам, фантастичним, часто огидним зіллям, заклинань, амулетів і релігійному цілительства. Широко застосовувалися кровопускання і різні трави. Розтин трупів було повністю заборонено, і відомості з анатомії, крім книг, можна було почерпнути лише при оброблення свиней. Корінь мандрагори, про який ходило безліч легенд, вважався найкращим засобом.
Гігієна і санітарія залишалися на дуже низькому рівні, оскільки зневажає саме людське тіло. Св. Єронім не бачив потреби ні в яких обмивання після прийняття хрещення. Тертуліан вважав, що якісь би не було дослідження після Євангелія взагалі не потрібні. Григорій Турський оцінював «світську» медичну допомогу як богохульство. Теорія демонічного походження хвороб знову стала панівною, а в таких випадках, як спустошливі чумні епідемії, вину покладали на євреїв.
У сучасних дослідженнях з історії медицини намітилася тенденція розглядати виникнення середньовічних медичних шкіл як промінь світла в навколишньому їх мороці невігластва, майже як передвістя Відродження. Це спірна точка зору. Хоча розвиток медичних шкіл частково призвело до відродження грецької науки - правда не прямо, а через арабські переклади, - але це повернення носив формальний характер, дух науки був втрачений. Стали законом канони Гіппократа і Галена, Арістотеля і Авіценни, а не їх методи дослідження і спостережень.
Знаменита школа в Салерно, розквіт якої припадає на 10-13 ст. була першою медичною школою, організованою в Європі. Можливо, вона була також найбільш «освіченої». У Салерно переплелися грецькі, латинські, арабські та єврейські впливу, він отримав назву «Гиппократова міста». Курс навчання включав три підготовчих року і п'ять років медичної освіти; випускник отримував звання магістра або доктора, звідки пішло використання слова «доктор» в значенні «лікар».
За законами, проголошеним в 1240 імператором Фрідріхом II, для отримання ліцензії на самостійну медичну практику треба було після закінчення курсу пройти ще річну практику під керівництвом досвідченого лікаря; володіння аптекою і торгівля ліками були заборонені, приготування ліків знаходилося під контролем інспекторів.
З Салернской школи вийшло багато знаменитих лікарів. Складений там у формі прислів'їв домашній медичний довідник Режим здоров'я (Regimen Sanitatis) належав до числа найпопулярніших книг в Середні століття.
Жінки також були допущені в школу, але невідомо, кого з них готували - доглядальниць, повитух чи лікарів. Незважаючи на досить прогресивний характер Салернской школи, в ній все ще розглядали нагноєння як частина нормального процесу загоєння ран, а перший підручник анатомії був заснований на вивченні будови свині.
Про зв'язки Костянтина Африканського (1010-1087) з Салернской школою мало що відомо, крім того, що він провів там деякий час, як і в бенедиктинському монастирі Монте-Кассіно. Костянтин найбільше відомий своїми великими перекладами з арабської на латину, які сприяли поверненню на Захід забутого греко-римської спадщини.
Після занепаду школи в Салерно в кінці 13 ст. на перший план висунулися медичні школи в Монпельє, Болоньї, Падуї та Парижі. Мондино з Болоньї зробив розтин двох трупів, але дивився очима Галена і Авіценни і нічого не додав до анатомічного знання. У Паризькому університеті заборонялися хірургічні операції і клінічні обстеження.
Арнольд з Віланова, знаменитий викладач в Монпельє, винайшов спиртовий настій трав, але він же помістив жіночі хвороби в книгу про отрути, «оскільки жінки - отруйні створення».
Гі де Шоліак (1300-1367), найвідоміший середньовічний хірург, одним з перших застосував витягування при переломах, але при цьому вірив у вчення про гної і рекомендував масло скорпіона як сечогінний засіб для лікування венеричних хвороб.
В цілому, в середні століття до медичного знання було додано дуже небагато.