ГКУЗ "ЗТЦМК" є органом повсякденного управління службою медицини катастроф і цивільної оборони охорони здоров'я та штабом служби медицини катастроф та цивільної оборони охорони здоров'я Забайкальського краю.
ГКУЗ «ЗТЦМК» взаємодіє зі структурними підрозділами Уряду Забайкальського краю, органами виконавчої влади муніципальних утворень, наявними на території краю органами управління та формуваннями МНС, МВС, ФСБ, Міноборони Росії, ВАТ «РЖД» і іншими юридичними особами, які беруть участь у відповідності з покладеними на них обов'язками в заходах щодо попередження та ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій.
Основними завданнями ГКУЗ «ЗТЦМК» є:
1. Координація і керівництво силами і засобами, які беруть участь в ліквідації медико-санітарних наслідків надзвичайних ситуацій;
2. Участь у підготовці та забезпеченні готовності органів управління, системи зв'язку та оповіщення формувань, медичних організацій до роботи в надзвичайних ситуаціях;
3. Прогнозування та оцінка медико-санітарних наслідків стихійних лих, аварій і катастроф;
4. Збір, обробка, обмін та надання інформації медико-санітарного характеру у сфері захисту населення і територій;
5. Розробка методичних основ і участь в підготовці населення і рятувальників до надання першої допомоги при надзвичайних ситуаціях і терористичних актах;
6. Створення та раціональне використання резервів медичного майна, організація його зберігання та оновлення (освіження);
7. Участь в здійсненні державної експертизи, нагляду і контролю у сфері захисту населення і територій в умовах надзвичайних ситуацій.